依托鄂西南复杂
山区地形，依靠着土司们长年累月积攒下来实力，再加上当地汉、苗杂处特殊环境，
时间颇让郭君镇感到棘手。
郭君镇为
讨平施州卫，还将已经平定郧阳苗里琛部调至施州卫，派兵入山搜苗，展开长时间追剿作战。
他和陈荩商议，采纳恩威并施手段，对于负隅顽抗土司，要进行彻底打击，迁徙其部众，再从荆州、黄州等人口稠密地区派遣大量永久性移民进山，贯彻改土归流政策。
而对于另些处于观望状态土司，还有另外些甚至倾向于闯军，为闯军征讨部队提供情报和物质支援土司，则承认他们世袭种种特权，默许既成事实，并在之后讨平反抗土司过程中，许诺给这些投闯土司以定利益和好处。
“雄丽以大兵征讨施州卫，虽然说是要保障随州侧翼，可是用力过猛，派兵太多，消耗这样多人力物力，其实确有些画蛇添足问题。
九江地处长江中游，位置紧要，是吴楚之间最重要处重镇。三镇不先取九江，打通长江航道，反而过分用力于鄂西，这就白白浪费许多时间和兵力呀。”
方以仁说：“郭将军撤出施州之兵，转攻九江府，现在早已拿下这个吴楚之间长江锁钥。明军退守安庆，已不能有丝毫作为。”
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