此后日本全境即改名为瀛洲，最初
军管营庄时期，是由瀛洲大都督府统
管辖瀛洲全境军政事务。
第任大都督为陈荩，第二任大都督为原任南洋延平公司总制陈永华。
两人任职期间，都奉行
“大兴文教”政策，在瀛洲修建大量学校，又鼓励诸侯大名子弟入学受教育，把教育与选拔人才相结合，使得瀛洲出现“汉和合流”、“儒佛合习”文化融合趋势。
天法三十四年，陈永华去世，朝廷即废止瀛洲大都督府建制，分瀛洲地为二省都督府，九州及四国被郡县为蓬莱省、中国及近畿被郡县为方丈省，关东带则改制为东瀛洲都督府。
不过般上，又习惯将蓬莱省称为南瀛洲、方丈省称为西瀛洲，关东旧地称为东瀛洲，合称时般称为瀛洲或三瀛、三海之地。
不可计数。
以至于清军名将莫洛发出“关东大兵百万，竟无人是男儿”狂言。
直到战争后期，顺军在幕府请求之下出兵援助，加入战局，援日伐清，抄袭八旗军在九州岛上大本营后，才使得战争形势为之变。
但即便如此，由于清军经营熊本城有方，顺日联军还是花费整整八个月时间进行围攻，二十余万联军损兵折将数万人之多后，才终于攻克这座难攻不落满洲人最后城。
使得这个度在东亚大陆上兴风作浪，掀起无数战争、争端和灾难民族，彻底退出历史舞台。
瀛洲本来人口就相当稠密，只是经过日清战争、顺日战争摧折，人口减少近三分之
至于在那以后，由于顺军长期盘踞长崎港而且坚持不退兵，反向德川幕府索要伐清银整整二千万两问题，两国持续爆发外交争端，由于李来亨狮子大开口，索要伐清助战饷粮完全超出德川幕府承受能力，最终外交争端终于演化为大规模战争。
在日清战争残破已极后，德川幕府尚未休养生息、与民休息，便接着爆发顺日战争。
年幼四代将军德川家纲，天生身体虚弱，时常卧病在床，无法控制朝政，使得幕府威势日益衰败。
这场战争最后敲响幕府统治丧钟，仅仅三年时间，幕府统治就被完全摧毁，后西院天皇也被虏至东京，受封为瀛洲国主。
此后属于德川系亲藩，如御三家、御三卿、门等诸侯领主，悉数被顺军灭亡铲除，各家子嗣也相继被送往东京，各受封伯爵、子爵、男爵爵位，德川幕府天领全部被改编为由顺朝驻军直辖营庄，其余领地则由日本各地异姓诸侯分割占领。
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