在曾国藩获实授总督的谢恩折上，咸丰意味深长地批了这样一句话：
卿数载军营，历练已深。惟不可师心自用，务期虚己用人，和衷共济，但不可无定见耳。(55)
可见还是担心曾国藩师心自用。曾国藩以前屡次不听指挥，坚执己见，给皇帝的印象太深了。
获得两江总督当然是好事，但是同时也对曾国藩围攻安庆的战略造成了严重干扰。
为什么呢？因为咸丰皇帝任命曾国藩做两江总督是有附加条件的。
不得不把全部希望放在湘军身上。何桂清弃城逃走，两江总督的位置空了出来。这个位置顺理成章应该落到正在两江领兵作战的湘军第一号人物曾国藩头上。
然而直到此时，咸丰皇帝还是没有彻底扭转他对曾国藩的偏见。一开始，他想让胡林翼来担任这个职务。
这个时候，著名权臣肃顺的一句话起了关键作用。
肃顺是皇族，大咸丰十五岁，此人性格果决，敢说敢做。“肃顺一人差强毅，敢任事。”(49)那种知无不言、直抒己见的风格，与那些察言观色、见风使舵的滑头老臣形成鲜明的对照，颇得咸丰帝的赏识。“肃公才识开朗，文宗信任之。”(50)“入赞密勿，所言蔑不见听。”(51)
肃顺这个人最大的特点是认识到王朝末路，满族统治者中已经产生不了人才，要挽救朝廷，只能靠汉人中的杰出之士。他曾说：“满人胡涂不通，不能为国家出力，惟知要钱耳。”(52)国家遇大疑难事，非重用汉人不可。
曾国藩的朋友湖南人王闿运曾在肃顺家里教书，郭嵩焘也与他来往颇多。所以他对曾国藩胡林冀二人非常重视，平日与客谈论，常心折曾国藩之“识量”和胡林翼之“才略”。曾国藩的四大弟子之一薛福成后来说“肃顺推服楚贤”。所以他才在咸丰皇帝犹豫的时候，力主曾国藩出任两江总督。
肃顺说：“胡林翼在湖北措注尽善，未可挪动，不如用曾国藩督两江，则上下游俱得人矣。”(53)
确实，胡林翼在湖北和官文配合得很好，而湖北对整个天下局势非常重要。如果把胡林翼调到两江，草包官文很可能把湖北蒸蒸日上的大好局面搞砸了。
咸丰左思右想，终于把这个职位给了湘军的头号人物曾国藩。咸丰十年（1860）四月二十一日，咸丰帝下令赏曾国藩加兵部尚书衔，署理两江总督。六月二十四日实授。
赵烈文后来评论这一任命时说：“迨文宗末造，江左覆亡，始有督帅之授。受任危难之间，盖朝廷四顾无人，不得已而用之。”(54)
