首领，凌驾众人之上。乾隆当然不同意他
请求，于是他于乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱，自立为汗。乾隆二十年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦尔撒纳。
平叛战争进展得很不顺利。由于事发仓促，清军仍然没有携带充足粮草就出发
，路上对喀尔喀蒙古大肆榨取。到新疆之后，又大肆抢夺准部故地牲畜粮食。准部本来就已经陷入饥荒之中，清军来，雪上加霜，大批民众饿死，剩下都纷纷起来反抗清军。而前线将领又很不得力，屡屡错失战机，使阿睦尔撒纳再逃脱。乾隆皇帝筹莫展。恰在此时，直全力支持乾隆平准喀尔喀部蒙古居然也起兵反叛。
反叛原因是清王朝对喀尔喀蒙古榨取超过极限。“因粮于敌”策略在战争中实际上演变成因粮于友。在开往新疆途中，缺乏物资准备清军再掠夺喀尔喀蒙古人，“毡子、毛皮和其他畜产品都被清朝当局以动员和征用方式夺走。除这些，喀尔喀劳动者越来越频繁地被招去服兵役，而且他们必须自备武器弹药……大部分男人脱离生产，被打发去打仗”。（兹拉特金《准噶尔汗国史》）因此，在部落领袖青衮杂卜带领下，万多喀尔喀蒙古人起兵反清。二十三个札萨克王公聚集在克鲁伦河畔，酝酿要举行全蒙古反清战争。
乾隆醒悟到自己失误，迅速转弯子。“北京理解到这危局。博格德汗（乾隆）知道蒙古人不满，于1756年9月写信给库伦呼图克图和土谢图汗，说他不知道蒙古人贫困，对蒙古人他将因功赏赐。”（瓦西里耶夫《外贝加尔哥萨克》）
乾隆知道仅仅封信是远远不够。他又通过小时候起读书密友章嘉三世活佛做哲布尊丹巴工作，许诺将对喀尔喀蒙古人大大施恩，终于安抚住喀尔喀蒙古，镇压青衮杂卜起义，扫除后顾之忧。
吸取这次教训，乾隆终于不再“因粮于敌”。他痛定思痛，改变作战方式，首先调集大批粮食，运至前线，巴里坤、哈密贮粮十万石，足够大军三四年之用，然后于乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵。这次，他终于顺利摘取胜利果实。经过连年战争和饥荒，准部蒙古人已经穷困交加，疾病流行，死亡甚多，毫无战斗力，清军所到之处，都能迅速取胜。阿睦尔撒纳日暮途穷，逃入俄罗斯境内，后来病死异国。
这场战争意义非同般。自大清开国以来，准噶尔汗国
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