经过会商之后，大臣们认为，这个案子性质严重，必须严肃处理。“河南夏邑县地方士民，习尚嚣凌，素健讼为能，任意寿张，罔知名义乖戾取祸，遂有段昌绪等恶徒，居心狂悖，上干天和，灾祲之来实由自召”，所以段昌绪应该按照大逆罪，凌迟处死。因为段昌绪并没有孩子，只能把他
妻子司氏、妾陈氏，发给功臣之家为奴。
皇帝毕竟仁慈，宣布对段氏“从宽”斩立决，妻子免于入官。
对于彭家屏，皇帝以其私藏逆书，“从宽赐令自尽”。彭氏之子彭传笏斩监候，秋后处决。没收家产中房屋、衣服、器物等入官。据河南布政使汇报，彭家屏家产有古玩玉器等
百九十余件，绸缎、毡褐衣服等七
十大板后，他感觉十分不妥。因为各地密报已经传上来，说虽然皇帝各打
五十大板，但是“平民百姓扳倒巡抚”消息仍然像长翅膀样，立刻传遍大清各省，那几个敢于告御状平民已经成全国人心目中英雄。不少地方人闻听此消息，准备要进京告状。
皇帝于是断然采取如下措施：
第，夏邑县知县孙默以及图勒炳阿能侦破这样反清大案，“尚属能办事之员”。侦破反清政治大案之功与讳灾这样小过不可同日而语，“缉邪之功大，讳灾之罪小”，因此不必革职，仍留原任。
第二，命直隶总督方观承前往河南，与图勒炳阿起彻查此大案，特别是要查清这个檄文到底从哪里抄来，背后有没有其他组织或者情由。
皇帝在上谕中还莫名其妙地着重说这
句：“命方观承会同图勒炳阿前往彭家屏家抄家，以检查彭家是否也有这道伪檄。”并且立刻命令彭家屏前往北京，听候皇帝亲自问讯。
显然，皇帝定要将退休二品大员彭家屏牵连进案子中，才算罢休。
四月二十六日，皇帝回到圆明园，结束此次风波迭起南巡。他召来彭家屏。在严审之下，彭家屏交代出自己家中确实存有几本明末野史，比如《潞河纪闻》《日本乞师记》《豫变纪略》《酌中志》《南迁录》等数种。
然而，方观承与图勒炳阿抄家结果却与彭氏交代大相径庭，原来彭家屏之子彭传笏闻听抄家之信后，已经把家中所有这些“禁书”把火烧。
但方观承也有成果。他说，经过审讯，刘元德交代，他御状状子曾经给彭家屏侄子彭型看过，这从侧面证明，彭家屏与这个告御状事件确实有关，皇帝判断是正确。
皇帝对这个结果基本满意，他知道，个大案条件已经基本具备。
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