十届
次会议期间，起草并与24位全国政协委员联名递交
《建设敦煌莫高窟游客服务中心
建议》提案（政协十届次会议提案第1412号），全国政协提案委员会将此列为当年重点提案。应邀参加印度英迪拉·甘地国家艺术中心召开“玄奘与丝绸之路”国际学术讨论会，发表论文《玄奘译经和敦煌壁画》。应日本《佛教艺术》杂志约稿，撰写并发表《敦煌石窟研究百年回顾与展望》。启动《敦煌艺术大辞典》（上海辞书出版社）编撰工作。主编《敦煌鉴赏精选50窟》（中文版）由江苏美术出版社出版。
2004年担任中国古迹遗址保护协会副主席。主持“第二届石窟遗址保护国际学术讨论会”“敦煌研究院成立60周年暨常书鸿先生诞辰100周年纪念活动”“2004年石窟研究国际学术讨论会”组织和筹备。专著《敦煌石窟全集》第四卷《佛传故事画卷》由香港商务印书馆出版。编著《敦煌石窟》由旅游出版社出版。撰文《为敦煌久远长存——敦煌石窟保护探索》，刊于《人民政协报》。参加2004年全国文物外事工作会议，发表论文《面向未来，国际合作保护迈上新台阶》。主持完成由国家文物局委托、8个科研单位联合攻关《国家文化遗产保护中长期科学和技术发展规划研究》课题。接受中央电视台《正大综艺》栏目《守望敦煌》、《面对面》和《东方之子》栏目专辑拍摄，协助中央电视台成功直播《敦煌再发现》大型节目。
2005年被国务院授予“全国先进工作者”荣誉称号。在上海和北京主持召开“敦煌莫高窟保护利用设施项目数字展示技术验证专家论证会”，组织开展《莫高窟保护利用项目管理系统可行性研究》。主持完成“古代壁画保护国家文物局重点科研基地”机构设置和组建，于2005年11月30日正式挂牌。完成《敦煌石窟全集》（专题分类全集）26卷编辑出版。参加2005年国际古迹遗址理事会（ICOMOS）亚洲区域性讨论会，发表论文《莫高窟保护与旅游矛盾及对策》。参加“国际古迹遗址理事会（ICOMOS）第十五届大会”，做题为《按照〈准则〉原则制定〈敦煌莫高窟保护总体规划〉》专题发言。主持完成《敦煌石窟保护与利用研究》《全数字摄影测量技术在莫高窟文物保护中应用研究》课题。
2006年参与安排部署敦煌研究院与兰州大学、美国盖蒂保护研究所、英国伦敦大学考陶尔德艺术学院联合
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