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乳酸菌能通过强酸性胃液到达十二指肠，随后就再无下文。大部分研究都表明添加益生菌后粪便中没有存活添加菌种，也没有证据表明益生菌能在结肠存活。[83]将酸奶中益生菌数量成倍增加或者使用稍有不同菌株，结果可能会好
点，但大体上看没有哪种菌能对所有人有效。商品酸奶中常见菌株可能对甲有效，对乙却无效。
这可能是因为某些特异性化学信号或条件，使特定肠道环境不利于益生菌生长；或者就像初来乍到孩子，益生菌数量远落后于肠道固有细菌数量，因而受到排挤无法融入。项经过周密计划小规模研究有些有趣发现。试验招募
7对女性同卵双胞胎志愿者，她们食用含有5种益生菌酸奶（这些菌种在酸奶品牌中皆属常见），每日2次，连续7周。以微生物治疗倡导者杰夫·戈登（JeffGordon）为首美国研究团队在这研究中发现，相当数量益生菌到达双胞胎志愿者结肠，其中种双歧杆菌更是在志愿者停止食用酸奶后仍存活1周，这结果让人欣慰。[84]
不过，令人失望是这些幸存益生菌看来并没有发挥很大作用。团队发现肠道菌群组成毫无变化，肠道原住民对外来者处之泰然。研究人员在条件受严格控制小鼠身上投放同样5种益生菌，得到同样结果。添加益生菌可以在肠道检测到，但肠道原生菌种并没有受到激扰。可能有些科学家会就此止步，但该团队进行系列复杂测试，证明这些酸奶中有益菌以默默无闻方式发挥巨大作用。它们大幅提高某种基因活跃度，这种基因负责调控蔬果中复杂碳水化合物及糖类分解。
由此可见，食用酸奶改变消化食物方式，激活抗炎通路。身体中微生物菌落通过大型网络密切合作，以复杂多样方式消化代谢食物。添加单微生物可能不足以改变为数众多其他细菌，但可以改变整个菌群代谢平衡，从而影响健康。
需要事先声明是，市面上大部分酸奶都有些夸大功效，在酸奶中只添加少量益生菌或者只加两种专利菌株情况下更是如此。许多低脂酸奶中含有大量糖（或者果浆），会抑制细菌生长，益生菌功效也就被抵消。酸奶中有益菌通常无法在肠道存活，所以必须每天饮用、补充，以发挥其作用。特定菌株或细菌组成也可能是其中关键之处，而
们每个人都需要找到与自己情投意合“细菌伴侣”
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