厚再次被任命为开封知府，然后是户部尚书。在讲议司
两年（1102年中至1104年中），他是蔡京挑选二十七名成员之
，由他负责项目包括起草修建安济坊方案。他还建议减少铜钱中铜成分，从而使铸造钱币数量增加十五万九千贯。［14］
1103年四月，吴居厚六十七岁，被提拔为宰辅，在接下来大约三年时间里，他陆续担任过不同宰辅职务。1107年，由于已到
七十岁致仕之年，他获准满载荣誉地从宰臣位置上致仕。但在1109年，“上以元丰侍臣不当久置闲左”，又任命他担任地方官，然后在1110年八月（当时蔡京已退休），将他召回京城就任宰辅，同年又将他调任知枢密院事。“尝从容奏请遹追先烈，在坚其志。”每有重要事宜，徽宗就会派内侍到他家里询问他看法，而这些观点经常在日后实施。“每定大政”，如“备边选将”，“辄遣中人就第咨访”。徽宗经常对地方财政*员工作不甚满意，因此特意写份手诏赐予吴居厚，称赞吴居厚：“漕臣不营职业，惟以干叩朝廷为事。曩者卿任京东，未尝告乏，盖材与不材所致也。”
吴居厚墓志铭中还提到徽宗对他写诗很感兴趣，这是种荣誉象征。据说，徽宗很欣赏他在朝堂上写诗，有时还会步韵应和。徽宗让他进呈在宫廷之外写些诗，吴居厚随即拿出数百首。［15］徽宗赐给他很多书法作品，他便在豫章（江西）宅第中修建座阁楼，专门收藏这些御制作品。徽宗用篆书为阁楼题名为“褒贤之阁”，随后命人将题字刻到木匾上，并用金属字体摹勒。吴居厚还把这几个字雕刻在石板上。吴居厚墓志铭作者葛胜仲还记录吴居厚对徽宗忠诚：“每遇天宁节及上本命壬戌日，必斋戒，召方士启醮阁下，祝千万岁寿，费出廪禄。”
1113年，再次开始担任宰辅两年零四个月后，吴居厚以年老多病为由请求致仕。徽宗竭力挽留，但最后还是准许他告老还乡。据说徽宗曾多次派遣近侍去问他是否有什
需求，吴居厚最后次上朝时，徽宗要他以后每月呈递份奏疏。在那年稍晚时日，徽宗听到吴居厚去世消息，当天不视朝事，亲自用篆体为吴居厚墓碑题字，并命葛胜仲起草墓志铭。［16］
吴居厚传记中些主题，同样出现在记载其他宰辅主要内容中。徽宗对大部分宰辅都大加赏赐，虽然早先皇帝也会这样做，但徽宗在赏赐大臣方面创造新纪录。大部分宰辅
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