二月十八日，宋军收复杭州。通常
情况似乎是，禁军
旦逼近，起义军就撤离占领城市，转而攻打另座城市。然而，还是有越来越多起义军被杀死或擒获。三月二十七日，宋军夺回
睦州。四月二十四日，禁军包围起义军大本营。从后部包抄洞穴时，宋军发现，“门岭崖壁，峭坂险径，贼辄数万据之。刘镇等率劲兵从间道掩击，夺门岭，斩贼六百余级”。直到黎明时分，宋军才攻进洞中。不久后，他们开始放火。“贼二十余万众腹背抗拒，转战至晚，凶徒糜烂，流血丹地。”宋军称共剿杀几千名叛乱者，释放数万名被胁迫加入百姓。第二天，方腊在帮源洞中被宋军抓获，同时被擒还有他家眷及手下大将。此时距离童贯最初到达这个地区只有三月左右时间。方腊于七月被押到京城，并作为囚犯被带上朝堂。次月，方腊被处决。［12］不过，他些追随者仍然在周边活动，因此禁军在那个地区共停留十五个月。
方腊起义及朝廷平叛造成损失非常巨大。宋朝史料记载庞大死亡人数，包括大约百万起义军和两百万平民，当然这个数字也只是猜测。六个州和五十二个县都遭到起义军烧杀抢掠。［13］起义军在城中纵火时，往往会造成重大损失。禁军与起义军作战时，杀死起义军人数通常比活捉人还多。例如，刘光世收复龙游县时，他部队杀死两千两百零九名起义将士，活捉只有五十人。战斗中伤亡人数巨大，个原因是起义军装备简陋，也没有受到良好训练。名宋将记载，起义军没有太多兵器，常常赤手空拳地搏斗，而且为吓唬敌人，还在脸上涂抹很多油彩假扮鬼怪。［14］
尽管有很多地方官吏在起义军进攻时闻风而逃，但同时也有很多英勇抗击事例，还有不少人明知面临死亡也毫不退缩。［15］起义爆发伊始，当地李纲于1121年正月给朝廷每位宰辅都写封信。在信中，李纲叙述他对这些起义军观察，并提出行之有效军事策略。李纲坚持从外面调集训练有素士兵，因为当地士兵无法有力地抗击起义军。尽管很多起义军是被方腊部队抓获后被迫加入，但这并不意味着他们就不构成威胁。李纲认为，出身穷苦被迫加入起义队伍士兵通常认为劫匪生活很吸引人，因为他们光靠偷窃就能够获得他们想要所有东西。［16］
联盟紧张局势
方腊起义发生得实在很不是时候。宋军正在东南忙于剿匪时，女真人军队已拿
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