曾国藩一到祁门，见四周山势陡削，与外界相连的仅一条东通休宁、徽州，西联景德镇的官马大道。除此之外，有一条小路，勾通北面的两个小镇：大赤岭、大洪岭；另有一条小河，名叫大共水。大共水发源于祁门，南下经浮梁、景德镇流入鄱阳湖。河面狭窄，只能浮起坐两三个人的小船，货船不能进来。这里人烟稀少，土地贫瘠，倘若东西方向的官马大道被堵，与外面的联系一断，县城则陷于绝境。曾国藩后悔不该匆匆将驻扎祁门的决定上报朝廷，但事已至此，只得暂时住下。不久，实授江督并任命为钦差大臣、督办江南军务的上谕到达，曾国藩更觉要老成持重，决策不能随意更改。但幕僚们不以为然，纷纷劝他离开祁门，另觅合适之处，曾国藩不听。因为马匹买不齐，马队暂不能建，李鸿章也跟着到了祁门。他用了两天时间，将祁门四周实地勘察一遍，对曾国藩说：“恩师，祁门地势形同釜底，此兵家所说的绝地，不如及早另择他处，以免将来受困。”见曾国藩沉吟不语，李鸿章又乘势再进言，“依门生之见，可移师东流。此地傍江依山，可进可退，可攻可守，老营驻扎东流，万无一失。”
曾国藩仍抚须不语。李鸿章忖度曾国藩心思已活动，话说得更直了：“恩师，倘若长毛闻讯围攻祁门，只须数千人就可将出路堵死，我们将成瓮中之鳖，束手受擒。”
曾国藩抚须之手突然停住，两目光芒毕露，厉声责问：“少荃，你如此厌恶祁门，是不是胆小怕死？若如此，你可收拾行李离开这里。烦你转告其他人，凡怕死在此地的人，都可及早离开。”说罢拂袖而起。李鸿章只得讪讪退出。从那以后，再没有人敢提撤离祁门的话了。
曾国藩将祁门柴氏宗祠改作总督衙门，开始办理两江政务。他日夜审阅江苏、安徽、江西三省地方报送的文书，并分派幕僚，秘密考察三省府道以上*员的政绩，亲撰楹联一副：“虽贤哲难免过差，愿诸君谠论忠言，常攻吾短；凡堂属略同师弟，使僚友行修名立，乃尽我心。”要各府州县将此联书写在官厅楹柱上，时时以此自戒。又刊发《居官要语》一篇给各级官吏，要求他们严格遵照执行。又亲拟一份告示，标题为《晓谕江南士民》，雕刻成版，广为印刷，张贴在集市、街衢、码头上。这个告示共有六条：一禁官民奢侈之习；二令绅民保举人才，以两江之才，平两江之乱；三是安顿流徙，恤难周贫；四是求闻己过，凡军政过失，许据实直告；五为旌表节义；六为禁止办团。三省官吏，
