地愤怒。当何桂清逃至苏州时，江苏巡抚徐有壬坚闭城门不许其入城，何桂清不得已又转赴常熟，结果又吃
闭门羹。何桂清走投无路，最后以借洋兵为名，“托言借外兵”逃到上海。到上海，他还上奏为自己辩护：“金陵全省皆溃，丹阳已失，钦差大臣和春退至常州，军务应归督办。而苏州尚无准备，故臣赴苏驻扎，以系民望。”“和春溘逝，兵勇解体，大局摇动，非臣书生所能支持。”(29)
咸丰皇帝至此才发现自己看走眼，竟然把天下大局托付给这样
个厚颜无耻
人。何桂清和曾国藩是两种类型人，何桂清以才干敏捷闻名，能言会道，表人才，尤其善于和各方搞关系，是各方公认办事之才。曾国藩其貌不扬，不善言辞，做事拙笨。所以朝中公论直是何优于曾。在何桂清弃城逃跑后，朝中仍然有人反对以曾国藩取代何桂清，持之最力是汉军机匡源。他理由是何氏远比曾氏“明练”：
何较曾尚明练，宜留任以观后效。(30)
然而，事实证明，“明练”、善应对、小聪明，在天下大难前是没用。真正起作用，还是曾国藩式笨拙、扎实、从根本上做起。
咸丰对何桂清非常痛恨，在上谕中斥责他道：“闻风先逃，民望何在？该大臣既抵常州，有兵有将，声势自应更壮，何畏葸若此！”“平时无事侈谈彼短，旦决裂，尚不自知认罪，犹以书生自居，可叹可恨，殊有负书生。”将他革职拿问，命地方官逮送何氏进京。(31)
然而当何桂清逃到上海时，薛焕正以江苏巡抚职位驻扎上海，浙江巡抚王有龄也还在位，因此两人联手营救何桂清，再上奏，多方庇护，请准何桂清留营效力，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”(32)。说要利用何桂清剩余价值，让他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京服罪。薛福成在《书两江总督何桂清之狱》中说：“总督何桂清弃常州也，巡抚徐节愍公严劾之，上命褫职逮问，乃由常州奔上海屡以激团练，购内应，谋复苏州为名，迁延两年，竟不就逮。江苏巡抚薛焕、浙江巡抚王有龄，皆桂清旧时属吏，夙所荐达者也，颇力庇桂清，合疏奏请弃瑕录用，俾夺后效，以赎前罪，诏不许。”不久恰好英法联军内犯，咸丰出奔承德，内忧外乱之中，没有再腾出工夫处理他，容他在上海租界苟且偷生两年。
然而，曾国藩成两江总督，李鸿章就任江苏巡抚，注定再没有何桂清好日子过。李鸿章就
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