对捻军作战，
直保持着“四镇四游”
力量，“省有急，三省往援”，也就做到
“往来神速，呼吸相通”格局。
曾国藩此次堪称“全民动员”——在地方上，曾国藩责令各省巡抚在捻军经常出没之地修筑圩寨，设立圩长，实行坚壁清野，使捻军得不到点给养；又制定查圩法，对圩寨进行彻底清查，把与捻军有关人列入莠民册，按册缉捕捉拿，其他列入良民册，推行保甲连坐。圩长则具保结于州县，有事则圩长连坐。应该说，曾国藩这策略，具有相当强针对性。曾国藩还派幕僚薛福成等人，对于各地村寨执行情况明察暗访，对些违规村寨和村民，大开杀戒，杀儆百，尤其是在亳州、蒙城带，有时个村寨就诛杀十多人。这样来，当地百姓很少敢跟捻军联系，捻军没有村民作掩护，不仅失去根据地，也失去存在基础。
年后，即1866年7月，曾国藩进步完善战略思想，那就是要把捻军限定在定范围之内，选择河流作为自然屏障，在河流边布防。曾国藩把捻军活动范围锁定在运河以西、贾鲁河以东、黄河以南、沙河与淮河以北地区，在可能渡河岸边重点布置人马，制造屏障，封锁住这些河流。这样，捻军活动范围受到限制，马队也就没优势。这个办法，真亏曾国藩想得出来。应该说，这完全是个笨办法，因为防范面积之大，工程量之大，可以说是前所未有。但在没有更好手段前提下，这样笨办法，也不失为个聪明之举。很快，这个办法取得些明显成效，捻军活动范围被限制在狭小区域里，顿感局促，他们再也不能像以前那样随意驰骋。当捻军马队跑不起来时候，曾国藩部队洋枪洋炮也就派上用场。
应该说，曾国藩这战略，在具体施行过程中，是有相当作用。这也使曾国藩在近两年时间内，几乎跟捻军打个平手，而且有效地消耗捻军实力，摸索到整套对付捻军经验，这也为后来李鸿章最后获胜奠定基础。
在剿捻过程中，最让曾国藩伤脑筋，是他与地方关系处理。地方大员处事不力，让曾国藩很是头痛。由于剿捻牵涉到安徽、江苏、山东、河南、湖北等好几个省，地域广大，加上参战部队良莠不齐，异常复杂，政令经常不畅。不仅如此，曾国藩还得劳神耗心地处理各种各样复杂内部矛盾：有地方军和正规军，地方军与地方军，黄河北岸军和南岸军，湘系与淮系，等
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