1854年（咸丰四年）四十四岁，2月25日，奉命率师出征太平军。发布《讨粤匪檄》。命褚汝航为水师总统、塔齐布为陆军先锋，统率
万七千人，挥师北上。5月，兵败靖港，投水自裁获救。7月25日，重整水陆各军，出师攻陷岳州。10月14日取武昌。咸丰帝令其部署理湖北巡抚；7天后收回成命，改赏兵部侍郎衔。12月2日攻陷田家镇。
1855年（咸丰五年）四十五岁，2月12日夜，石达开总攻湘军水营，烧毁湘军战船百余艘。曾国藩座船被俘，“文卷册牍俱失”。“公愤极，欲策马赴敌以死”，罗泽南、刘蓉力劝乃止。
忠源来见，结为师生。派充翰林院教习庶吉士。
1845年（道光二十五年）三十五岁，10月，升翰林院侍讲学士。李鸿章入京会试，以年家子投其门下受业。
1846年（道光二十六年）三十六岁，1月，充文渊阁直阁事。自书其书舍曰：“求阙斋”。夏秋间，养病城南报国寺，与同寓刘传莹就汉学、宋学深入研讨，知学须返本务要，“执两用中”。
1847年（道光二十七年）三十七岁，7月，升授内阁学士、兼礼部侍郎衔。11月，钦派武会试正总裁，殿试读卷大臣。
1848年（道光二十八年）三十八岁，3月，子纪鸿生。10月，辑录古今名臣大儒言论，按修身、齐家、治国三门分三十二目辑成《曾氏家训》。
1849年（道光二十九年）三十九岁，2月，升授礼部右侍郎。9月，署兵部右侍郎。
1850年（道光三十年）四十岁，4月，上《应诏陈言疏》，直揭官场“萎靡因循”、官吏“畏葸”“柔靡”。“今日所当讲者，惟在用人端耳。”7月，兼署部左侍郎。
1851年（咸丰元年）四十岁，1月，洪秀全在广西桂平金田村组织起义。5月，上《敬陈圣德三端预防流弊疏》，咸丰帝“怒掷其折于地”，欲罪之。
1852年（咸丰二年）四十二岁，1月，上《备陈民间疾苦疏》。7月，任江西乡试正考官。行抵安徽省太湖县小池驿，得母讣闻，回籍奔丧。10月初抵家。太平军出广西、入湖南，9月攻长沙，10月取决岳州。
1853年（咸丰三年）四十三岁，1月21日，接帮办湖南团练旨。经郭嵩焘力劝出保桑梓。30日，抵长沙与湖南巡抚张亮基商办团练。3月19日，太平军攻占江宁，定都为天京。9月，奏准移驻衡州练兵。11月，建衡州船厂赶造战船。派人赴广东购买洋炮，筹建水师。
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