比如工商局，在1999年
改革中，“人财物”收归省级工商部门统管，初衷是为
减少地方z.府对工商部门干扰，打破地方保护，促进统
市场形成。但随着市场经济蓬勃发展和多元化，工商局行政手段效力直在减弱，而垂直管理带来激励不相容问题也越来越严重。工商工作与所在地区密不可分，但因为垂直管理，当地z.府对工商系统监督和约束都没有力度。在系列事故尤其是2008年震动全国“毒奶粉”事件之后，2011年中央再次改革，恢复省级以下工商部门地方z.府分级管理体制，经费和编制由地方负担，干部升迁改为地方与上级工商部门双重管理，以地方管理为主。(30)2018年机构改革后，工商局并入市场监督管理局，由地方z.府分级管理。
所有面临双重领导部门，都有个根本激励机制设计问题：到底谁是主要领导？工作应该向谁负责？假如所有领导目标和利益都样，激励机制就不重要。在计划经济时代，部门间没什
大利益冲突，所以对干部进行意识形态教化相对有效，既能形成约束，也有利于交流和推进工作。但在市场经济改革之后，利益不仅大，而且多元化，部门之间、上下级之间利益冲突时有发生，“统思想”和“大局观”虽依然重要，但只讲这些就不够，需要更加精细激励机制。最起码，能评价和奖惩工作业绩上级，能决定工作内容上级，受下级工作影响最大上级，应该尽量是同上级。
当上下级有冲突时候，改革整个部门管理体制只是解决方式之，有时“微调”手段也很有效。拿环保来说，在很长段时间内，上级虽重视环境质量，但下级担心环保对经济发展负面影响。上下级间激励不相容，导致政策推行不力，环境质量恶化。(31)但随着技术进步，中央可以直接监控污染企业。2007年，国家环保总局把些重污染企业纳入国家重点监控企业名单，包括3115家废水排放企业，3592家废气排放企业，以及658家污水处理厂。这些企业都要安装套系统，自动记录实时排放数据并直接传送到国家环保监控网络。这套技术系统限制数据造假，加强监管效果，大幅降低污染，但没有从根本上改变环保管理体制，日常执法依然由地方环保部门负责。(32)
随着中央越来越重视环保，跨地区协调工作也越来越多，环保部门权力也开始上收。2016年，省级以下环保机
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