在1940年之前就认识他
，那时他就有些古怪，或者说简直就是个怪人，他绝不是你想象中
那种管理者材料。”罗伯特·威尔逊回忆道。当时威尔逊还是
位年轻实验物理学家，正在欧内斯特·劳伦斯手下学习。直到1942年12月，詹姆斯·科南特还在给格罗夫斯信中写道，他和万尼瓦尔·布什“都在怀疑们是否找对负责人”。
虽然约翰·曼利是奥本海默副手，但是这份工作总让他觉得心里没底。曼利回忆说：“无论是他广博学识还是他对日常事务漠不关心都让感到害怕。”曼利特别发愁实验室组织架构问题。“直在烦奥比，因为不知道他要花多少个月才能搞出张组织架构图，也就是责任分工。”奥本海默对曼利恳求置之不理，直到1943年3月天，曼利终于爬上勒孔特厅顶层，推开奥本海默办公室门。当奥本海默抬头看到曼利站在那里时，他对曼利想要什
心知肚明，他抓起张纸，扔在桌子上说：“这是你要那张该死组织架构图。”在奥本海默设想中，实验室分四大部分：实验物理学、理论物理学、化学和冶金学，最后是军械。每个部门小组长都要向部门主管汇报，部门主管则向奥本海默汇报。这只是初步计划。
1943年年初，奥本海默派28岁罗伯特·威尔逊到哈佛大学，由他安排把哈佛回旋加速器安全运到洛斯阿拉莫斯。3月4日，威尔逊来到洛斯阿拉莫斯视察安装回旋加速器地点。他发现这里片混乱，似乎根本就没有时间表，也没有规划和责任划分。威尔逊向曼利抱怨此事，两人都认为他们应该与奥本海默对质。他们在伯克利会面是场灾难：奥本海默怒不可遏，对他们恶语相向。威尔逊和曼利都惊呆，他们怀疑他是否有能力应付眼前挑战。
威尔逊祖上就是贵格会教徒，欧洲战争爆发时，他还是个和平主义者，他说：“所以，当发现自己真参与这个可怕项目时，知道有很大变化。”但是，就像他在洛斯阿拉莫斯认识那些人样，威尔逊最担心还是纳粹可能会用原子武器赢得战争。因此，虽然私底下他仍寄希望于有天他们能证明原子弹是行不通，但是如果真能制造出来，他也迫切地想要把它变成现实。威尔逊是个勤奋认真人，最初他对奥本海默傲慢举止感到颇为恼火。“不太喜欢他，”他后来说，“他总喜欢自作聪明，绝不容忍愚蠢之人，也许对他来说，就是其中之。
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